会員からの会費で運営されています。
1大学の負担金は、分科会登録人数に関わらず、一律年間50,000円です。
年度途中（10月以降）の入会については25,000円となります。
負担金による年間の収人・支出については総会で予算・決算を報告し、審議します。

大学の繁忙期（1～3月）を除いて、年間30回程度、開催されます。
また、例年8月下旬には各分科会が一同に会する分科会合同研修会が1泊2日、若しくは2泊3日で行われます。

下記の6つの分科会が、各分科会の運営委員長と運営委員で年間の活動方針を立案し、計画から実施までを自主的に行っています。
年度始めにテーマを決めて分科会活動に入りますので、毎年テーマが変わります。
教育システム分科会
事務システム分科会
システム運用管理分科会
図書館分科会
大学経営・情報課戦略分科会
次世代情報システム検討

参加を希望される分科会の運営委員の承認があれば、オブザーバとして参加することができます。

国公立大学を対象とした国公立大学情報システム研究会（通称IS研）がありますので、そちらへの入会をご検討ください。
CS研とIS研は包括連携協定を結んでおり、IS研の会員はCS研の分科会に参加することができるようになっています。